Bankinter se constituyó en Junio de 1965 como un banco industrial, al 50% entre el Banco de Santander y el Bank of America.
En 1972 salió a cotizar a la Bolsa de Madrid, convirtiéndose desde ese momento en un banco totalmente independiente de sus fundadores; fue entonces cuando se transformó en un banco comercial.
En 1992 fue pionero en el lanzamiento de los fondos de inversión.
En 1994 Bankinter comenzó de una forma activa a comercializar créditos hipotecarios. En poco tiempo pasaron de ser un producto casi inexistente en la Entidad, a ser una de sus referencias más conocidas. Multiplicaron su balance por tres en 7 años, y Bankinter ha llegado a ser uno de los bancos más activos del mercado.

A principios de este año el banco que preside Juan Arena ha lanzado en Internet un nuevo servicio de consultas, solicitud y obtención de avales por Internet destinado a sus clientes corporativos.
Además, y como novedad, la nueva propuesta de ebankinter Empresas pone a disposición de sus clientes la posibilidad de solicitar y obtener en tiempo real a través de la web avales técnicos, aquellos que se presentan ante Organismos Públicos con motivo de la participación en concursos y subastas, ejecución de obras, buen fin de obra o prestación de servicios, entre otros.

En noviembre de 2003 el banco se hizo con el premio al "Buen Gobierno Corporativo en la Empresa". Bankinter, como algunos diarios publicaron, ha sido galardonado en esta primera edición "por ser una sociedad pionera entre las sociedades cotizadas, y especialmente entre las instituciones bancarias de las mejores prácticas de Buen Gobierno Corporativo". Además , junto con los bancos Santander y BBVA, y la compañía Telefónica, ha sido una de las cuatro sociedades españolas que aparecen en el informe mundial sobre las mejores prácticas en la información corporativa, elaborado por la compañía auditora Pricewaterhouse Coopers (PwC).

Una vez cerrado el ejercicio 2003, Bankinter registró un beneficio neto atribuido de 133,04 millones de euros, lo que representa un incremento del 21 por ciento respecto a los 110,32 millones conseguidos en el ejercicio anterior. Según la entidad, este balance tan positivo se debe en gran medida gracias a la buena marcha del negocio de clientes.